新标准是我国目前唯一的水上移动污染源水污染物排放控制标准，适用于各种船舶，几乎涵盖除军事船舶之外的所有船舶，包括各种规模和船龄的客船、渔船、油船、化学品船、集装箱船、散货船和特种船舶等，船舶结构、用途各异，航行水域横跨地表水、近岸海域和远海，既有国内船舶，也有外国籍船舶。

与旧标准相比，新标准在名称、污染物范围、污染控制项目和限值、分类管控要求等方面进行了修改，具体包括以下几个方面：一是标准名称由《船舶污染物排放标准》改为《船舶水污染物排放控制标准》；二是增加了船舶含有毒液体物质的污水的排放控制要求；三是完善了适用水域和船舶的划分方案；四是在生活污水排放控制方面，增加了pH值、化学需氧量（CODCr）、总氯（总余氯）、总氮、氨氮和总磷等6项指标；五是收严了含油污水中石油类和生活污水中五日生化需氧量（BOD5）、悬浮物和耐热大肠菌群数的排放限值；六是调整了船舶垃圾分类方案和排放控制要求；七是明确了机器处所油污水和生活污水的规范监测方法。此外，新标准增加了在饮用水水源保护区内不得排放生活污水，并记录控制措施的规定。